Oui, sur ta fiche de perso, le -3 marqué à coté d'art martiaux n'est pas un modificateur à l'usage mais le niveau de maîtrise de départ quand tu crée ton perso.
Combat armé commence au niveau 0, ce qui fait que si tu dépenses 5 points de compétence en combat armé et en art martiaux, tu auras un niveau de 5 en combat armé mais de 2 en art martiaux. Sauf que rien ne t'interdit de dépenser 3 autres points en art martiaux pour avoir aussi un niveau de maîtrise de 5 en art martiaux.
Ex : avec une FOR à +2, une ADA à +1 et une COO à +3 :
Si tu dépenses 8 pts de comp en art martiaux, tu auras un niveau de 5 (9).
Si tu dépenses 4 pts de comp en combat armé, tu auras un niveau de 4 (9).
Donc au final, tu peux te battre avec un score de 0 et bénéficier des techniques spéciales, ca t'aura juste couté 12 pts de comp à la création et non seulement 4.